Le meilleur logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneur permet de gérer facilement vos finances, même sans être expert en chiffres. Vous cherchez un outil simple, automatisé et adapté à votre activité ? Voici notre sélection des meilleurs logiciels pour 2025, choisis selon leur efficacité, leur simplicité d’utilisation et leur adéquation avec les besoins spécifiques des auto-entrepreneurs.
1. Jpkles

Jpkles se distingue comme un logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneur 100 % cloud, pensé pour une gestion centralisée et sécurisée. Grâce à son interface intuitive, vous accédez facilement à vos devis, factures et bons de commande depuis n’importe quel appareil. De plus, la version Pro automatise vos écritures comptables, ce qui représente un gain de temps non négligeable.
Ensuite, Jpkles se démarque par sa messagerie intégrée, idéale pour les échanges internes. Son hébergement en Suisse sur des serveurs écoresponsables ajoute une dimension écologique et sécuritaire. Le respect du RGPD et la compensation carbone de 200 % rassurent les utilisateurs soucieux de l’environnement et de la protection des données.
Enfin, Jpkles offre une formule gratuite, bien que limitée à 15 documents mensuels. Pour un usage complet, la version Pro commence à 50 €/mois avec un essai gratuit de 15 jours. C’est donc un excellent choix pour les auto-entrepreneurs exigeants, à la recherche d’un outil fiable, simple et vert.
2. Comptalib

Comptalib s’impose comme l’un des meilleurs logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur grâce à son haut niveau d’automatisation. Vous gérez vos factures, devis, bons de commande et synchronisez automatiquement vos comptes avec plus de 300 banques.
De plus, Comptalib vous permet de télédéclarer votre TVA et vos liasses fiscales en quelques clics, ce qui réduit considérablement les risques d’erreurs. Son interface claire offre un suivi en temps réel de votre situation financière, et vous pouvez compter sur une assistance disponible 24h/24.
Par ailleurs, Comptalib propose une offre gratuite pour les créateurs d’entreprise, à condition de s’engager 12 mois, puis des formules payantes à partir de 59,40 €/an. C’est donc l’outil idéal pour les auto-entrepreneurs débutants sans formation comptable.
3. Freebe

Freebe est un logiciel de comptabilité conçu spécifiquement pour les freelances et micro-entrepreneurs. Il automatise votre registre de recettes et dépenses, tout en vous aidant à gérer vos déclarations URSSAF en toute simplicité.
Vous bénéficiez aussi d’une facturation intelligente orientée “mode projet” avec un système de gestion par temps passé. Freebe est donc parfait pour les professionnels facturant à l’heure ou à la mission.
Bien que la personnalisation des documents commerciaux soit limitée, la simplicité d’utilisation compense largement ce petit défaut. Proposé à partir de 9 €/mois, Freebe répond parfaitement aux attentes des indépendants à la recherche d’un outil rapide, simple et efficace.
4. Pennylane

Pennylane est un logiciel de comptabilité qui combine puissance et polyvalence. Il vous permet de gérer à la fois vos finances et votre comptabilité, tout en collaborant avec votre expert-comptable sur une seule plateforme.
Grâce à ses nombreuses intégrations, notamment avec des comptes professionnels, Pennylane offre une vue d’ensemble claire de votre activité. Son design moderne facilite la navigation, même pour les novices.
Le service client se révèle très réactif, ce qui renforce l’expérience utilisateur. Disponible à partir de 14 €/mois, Pennylane est un choix stratégique pour les auto-entrepreneurs en croissance ou les petites entreprises ayant besoin d’un outil complet.
5. Indy

Indy se positionne comme un logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneur ultra-simple et accessible. Il automatise toutes les déclarations fiscales comme la TVA ou la liasse fiscale, et se connecte directement à votre banque.
Son application mobile intuitive vous permet de gérer votre activité à distance, où que vous soyez. C’est donc une solution parfaite pour les indépendants qui souhaitent gagner du temps sur les tâches administratives.
Proposé gratuitement pour certaines fonctions, Indy propose aussi des offres payantes abordables. C’est donc une option économique et efficace, particulièrement adaptée aux professionnels libéraux et micro-entrepreneurs.
6. Abby

Abby est un logiciel de comptabilité complet et évolutif, idéal pour les microentrepreneurs. Il gère vos devis, vos factures et vos obligations fiscales en quelques clics, tout en offrant une compatibilité avec des API tierces pour un usage plus avancé.
Ce logiciel séduit par sa facilité d’accès, que vous soyez débutant ou expérimenté. Il évolue avec vos besoins et bénéficie d’une satisfaction client élevée, ce qui confirme sa fiabilité.
Son modèle tarifaire commence gratuitement, puis évolue selon les options choisies. Cela en fait un excellent point de départ pour les auto-entrepreneurs qui veulent un outil flexible, sans engagement immédiat.
7. Tiime

Tiime est le compagnon idéal des auto-entrepreneurs souvent en déplacement. Grâce à son application mobile, vous numérisez vos justificatifs en quelques secondes, où que vous soyez.
En plus de cette mobilité, Tiime automatise les tâches comptables courantes, ce qui réduit les erreurs et vous libère du temps. Son interface claire s’adapte aussi bien aux débutants qu’aux professionnels aguerris.
La version gratuite permet déjà de couvrir les besoins essentiels. Pour des fonctionnalités plus poussées, des formules payantes sont disponibles. C’est donc une solution flexible et mobile, parfaitement adaptée aux travailleurs nomades.
Tableau comparatif des meilleurs logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur
Logiciel | Prix (à partir de) | Points forts | Idéal pour |
---|---|---|---|
Jpkles | Gratuit / Payant | Sécurité, cloud, écologie | Auto-entrepreneurs, TPE et PME |
Comptalib | Gratuit / Payant | Automatisation complète | Débutants en comptabilité |
Freebe | 9 €/mois | Simplicité, mode projet | Freelances et micro-entrepreneurs |
Pennylane | 14 €/mois | Comptabilité + finances | TPE, PME, entrepreneurs en croissance |
Indy | Gratuit / Payant | Déclarations fiscales automatisées | Indépendants et libéraux |
Abby | Gratuit / Payant | Évolutif, facile à prendre en main | Microentrepreneurs tous niveaux |
Tiime | Gratuit / Payant | Mobilité, numérisation | Entrepreneurs mobiles |
Le meilleur logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneur dépend avant tout de votre profil, de vos besoins et de votre budget. Que vous soyez débutant ou expérimenté, sédentaire ou mobile, une solution adaptée existe pour vous permettre de gérer votre activité efficacement, en toute autonomie et sans stress. Choisissez l’outil qui vous simplifie le plus la vie, et testez les versions gratuites avant de vous engager.
FAQ
Quel est le meilleur logiciel de facturation pour un auto-entrepreneur ?
Le meilleur logiciel de facturation pour un auto-entrepreneur dépend de ses besoins, mais Freebe et Jpkles sont parmi les plus adaptés pour leur simplicité et leurs fonctionnalités.
Quel est le meilleur logiciel gratuit pour auto-entrepreneur ?
Le meilleur logiciel gratuit pour auto-entrepreneur est souvent Indy ou Abby, car ils offrent une bonne couverture fonctionnelle sans coût initial.
Quel est le logiciel le plus utilisé en comptabilité ?
Le logiciel le plus utilisé en comptabilité reste Sage ou EBP pour les professionnels, mais Pennylane gagne en popularité chez les petites structures.
Quel est le meilleur logiciel gratuit pour faire un bilan comptable ?
Le meilleur logiciel gratuit pour faire un bilan comptable est Indy, grâce à son automatisation des déclarations fiscales et sa simplicité d’utilisation.